Евгений Набойченко покинул "Астану"
В 1989 году Евгений подписал первый профессиональный контракт с ашхабадским «Копетдагом», в его составе пять раз выигрывал Кубок и пять раз становился чемпионом Туркменистана. В 1999 году перебрался в Чемпионат Казахстана, в алматинский «Кайрат». За алматинский клуб провёл более 140 матчей, выиграл чемпионство в 2004 году, серебряные и бронзовые медали, три раза становился обладателем Кубка Казахстана. Позже выступал за «Мегаспорт» и «Астану».
С 1997 года по 2004 год играл за Национальную сборную Туркменистана. В составе сборной Туркменистана, участвовал в Кубке Азии 2004 года.
После завершения карьеры футболиста, занялся тренерской работой. В 2009 году работал в столичном «Локомотиве».
С 2012 по 2015 год работал в тренерском штабе «Актобе». С 2016 года был тренером вратарей столичной "Астаны".
| № | Команда | И | М | О |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Қайрат | 4 | 4-2 | 8 |
| 2 | Қызылжар | 4 | 8-2 | 7 |
| 3 | Ордабасы | 4 | 8-3 | 7 |
| 4 | Ақтөбе | 3 | 7-2 | 7 |
| 5 | Тобыл | 3 | 6-2 | 7 |
| 6 | Елимай | 4 | 4-4 | 7 |
| 7 | Астана | 4 | 4-2 | 6 |
| 8 | Туран | 4 | 2-3 | 4 |
| 9 | Жетісу | 3 | 1-2 | 4 |
| 10 | Атырау | 4 | 2-3 | 3 |
| 11 | Шахтер | 4 | 1-8 | 3 |
| 12 | Женис | 4 | 1-9 | 3 |
| 13 | Қайсар | 3 | 1-7 | 0 |
