Евгений Набойченко покинул "Астану"
В 1989 году Евгений подписал первый профессиональный контракт с ашхабадским «Копетдагом», в его составе пять раз выигрывал Кубок и пять раз становился чемпионом Туркменистана. В 1999 году перебрался в Чемпионат Казахстана, в алматинский «Кайрат». За алматинский клуб провёл более 140 матчей, выиграл чемпионство в 2004 году, серебряные и бронзовые медали, три раза становился обладателем Кубка Казахстана. Позже выступал за «Мегаспорт» и «Астану».
С 1997 года по 2004 год играл за Национальную сборную Туркменистана. В составе сборной Туркменистана, участвовал в Кубке Азии 2004 года.
После завершения карьеры футболиста, занялся тренерской работой. В 2009 году работал в столичном «Локомотиве».
С 2012 по 2015 год работал в тренерском штабе «Актобе». С 2016 года был тренером вратарей столичной "Астаны".
| № | Команда | И | М | О |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Қайрат | 2 | 2-0 | 6 |
| 2 | Астана | 2 | 4-1 | 4 |
| 3 | Оқжетпес | 2 | 4-2 | 4 |
| 4 | Ордабасы | 2 | 4-2 | 4 |
| 5 | Ұлытау | 2 | 1-0 | 4 |
| 6 | Ақтөбе | 2 | 4-2 | 3 |
| 7 | Қызылжар | 2 | 2-2 | 3 |
| 8 | Ертіс | 2 | 3-3 | 2 |
| 9 | Елімай | 2 | 2-2 | 2 |
| 10 | Атырау | 2 | 1-1 | 2 |
| 11 | Қайсар | 2 | 1-1 | 2 |
| 12 | Алтай | 2 | 1-2 | 1 |
| 13 | Жеңіс | 2 | 1-3 | 1 |
| 14 | Тобыл | 2 | 3-6 | 1 |
| 15 | Жетісу | 2 | 3-6 | 1 |
| 16 | Каспий | 2 | 2-5 | 0 |
