Евгений Набойченко покинул "Астану"
В 1989 году Евгений подписал первый профессиональный контракт с ашхабадским «Копетдагом», в его составе пять раз выигрывал Кубок и пять раз становился чемпионом Туркменистана. В 1999 году перебрался в Чемпионат Казахстана, в алматинский «Кайрат». За алматинский клуб провёл более 140 матчей, выиграл чемпионство в 2004 году, серебряные и бронзовые медали, три раза становился обладателем Кубка Казахстана. Позже выступал за «Мегаспорт» и «Астану».
С 1997 года по 2004 год играл за Национальную сборную Туркменистана. В составе сборной Туркменистана, участвовал в Кубке Азии 2004 года.
После завершения карьеры футболиста, занялся тренерской работой. В 2009 году работал в столичном «Локомотиве».
С 2012 по 2015 год работал в тренерском штабе «Актобе». С 2016 года был тренером вратарей столичной "Астаны".
| № | Команда | И | М | О |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Ордабасы | 26 | 51-18 | 61 |
| 2 | Қайрат | 26 | 51-20 | 57 |
| 3 | Астана | 25 | 42-25 | 48 |
| 4 | Оқжетпес | 26 | 41-35 | 45 |
| 5 | Ақтөбе | 26 | 38-31 | 42 |
| 6 | Елімай | 25 | 35-33 | 38 |
| 7 | Тобыл | 26 | 33-35 | 34 |
| 8 | Жеңіс | 26 | 26-32 | 32 |
| 9 | Ұлытау | 26 | 24-32 | 32 |
| 10 | Каспий | 26 | 27-36 | 29 |
| 11 | Ертіс | 25 | 26-34 | 26 |
| 12 | Алтай | 26 | 26-36 | 25 |
| 13 | Қайсар | 26 | 22-33 | 24 |
| 14 | Қызылжар | 26 | 26-40 | 24 |
| 15 | Атырау | 25 | 18-28 | 23 |
| 16 | Жетісу | 26 | 26-44 | 22 |
