Евгений Набойченко покинул "Астану"
В 1989 году Евгений подписал первый профессиональный контракт с ашхабадским «Копетдагом», в его составе пять раз выигрывал Кубок и пять раз становился чемпионом Туркменистана. В 1999 году перебрался в Чемпионат Казахстана, в алматинский «Кайрат». За алматинский клуб провёл более 140 матчей, выиграл чемпионство в 2004 году, серебряные и бронзовые медали, три раза становился обладателем Кубка Казахстана. Позже выступал за «Мегаспорт» и «Астану».
С 1997 года по 2004 год играл за Национальную сборную Туркменистана. В составе сборной Туркменистана, участвовал в Кубке Азии 2004 года.
После завершения карьеры футболиста, занялся тренерской работой. В 2009 году работал в столичном «Локомотиве».
С 2012 по 2015 год работал в тренерском штабе «Актобе». С 2016 года был тренером вратарей столичной "Астаны".
| № | Команда | И | М | О |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Қайрат | 26 | 53-19 | 59 |
| 2 | Астана | 26 | 66-30 | 57 |
| 3 | Тобыл | 26 | 45-25 | 54 |
| 4 | Елімай | 26 | 47-31 | 48 |
| 5 | Ақтөбе | 26 | 39-29 | 43 |
| 6 | Жеңіс | 26 | 37-30 | 36 |
| 7 | Ордабасы | 26 | 37-28 | 35 |
| 8 | Оқжетпес | 26 | 37-43 | 35 |
| 9 | Қызылжар | 26 | 25-32 | 27 |
| 10 | Ұлытау | 26 | 20-41 | 23 |
| 11 | Қайсар | 26 | 24-42 | 22 |
| 12 | Жетісу | 26 | 19-43 | 21 |
| 13 | Атырау | 26 | 22-45 | 19 |
| 14 | Тұран | 26 | 25-58 | 16 |
