Евгений Набойченко покинул "Астану"
В 1989 году Евгений подписал первый профессиональный контракт с ашхабадским «Копетдагом», в его составе пять раз выигрывал Кубок и пять раз становился чемпионом Туркменистана. В 1999 году перебрался в Чемпионат Казахстана, в алматинский «Кайрат». За алматинский клуб провёл более 140 матчей, выиграл чемпионство в 2004 году, серебряные и бронзовые медали, три раза становился обладателем Кубка Казахстана. Позже выступал за «Мегаспорт» и «Астану».
С 1997 года по 2004 год играл за Национальную сборную Туркменистана. В составе сборной Туркменистана, участвовал в Кубке Азии 2004 года.
После завершения карьеры футболиста, занялся тренерской работой. В 2009 году работал в столичном «Локомотиве».
С 2012 по 2015 год работал в тренерском штабе «Актобе». С 2016 года был тренером вратарей столичной "Астаны".
| № | Команда | И | М | О |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Қайрат | 8 | 12-3 | 18 |
| 2 | Ордабасы | 8 | 14-6 | 18 |
| 3 | Оқжетпес | 8 | 12-8 | 15 |
| 4 | Ұлытау | 8 | 8-7 | 14 |
| 5 | Елімай | 8 | 12-8 | 13 |
| 6 | Астана | 8 | 11-10 | 12 |
| 7 | Жетісу | 8 | 9-9 | 12 |
| 8 | Қызылжар | 8 | 10-7 | 11 |
| 9 | Атырау | 8 | 6-5 | 10 |
| 10 | Ақтөбе | 8 | 8-10 | 10 |
| 11 | Жеңіс | 8 | 4-8 | 10 |
| 12 | Ертіс | 8 | 8-11 | 6 |
| 13 | Қайсар | 8 | 4-8 | 6 |
| 14 | Тобыл | 8 | 7-14 | 5 |
| 15 | Алтай | 8 | 3-7 | 4 |
| 16 | Каспий | 8 | 4-11 | 4 |
