Евгений Набойченко покинул "Астану"
В 1989 году Евгений подписал первый профессиональный контракт с ашхабадским «Копетдагом», в его составе пять раз выигрывал Кубок и пять раз становился чемпионом Туркменистана. В 1999 году перебрался в Чемпионат Казахстана, в алматинский «Кайрат». За алматинский клуб провёл более 140 матчей, выиграл чемпионство в 2004 году, серебряные и бронзовые медали, три раза становился обладателем Кубка Казахстана. Позже выступал за «Мегаспорт» и «Астану».
С 1997 года по 2004 год играл за Национальную сборную Туркменистана. В составе сборной Туркменистана, участвовал в Кубке Азии 2004 года.
После завершения карьеры футболиста, занялся тренерской работой. В 2009 году работал в столичном «Локомотиве».
С 2012 по 2015 год работал в тренерском штабе «Актобе». С 2016 года был тренером вратарей столичной "Астаны".
| № | Команда | И | М | О |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Ордабасы | 22 | 43-16 | 52 |
| 2 | Қайрат | 21 | 42-15 | 48 |
| 3 | Астана | 20 | 33-21 | 38 |
| 4 | Ақтөбе | 22 | 32-26 | 35 |
| 5 | Оқжетпес | 21 | 30-29 | 33 |
| 6 | Елімай | 20 | 29-24 | 31 |
| 7 | Ұлытау | 22 | 18-24 | 28 |
| 8 | Жеңіс | 21 | 21-24 | 26 |
| 9 | Каспий | 21 | 22-29 | 22 |
| 10 | Тобыл | 20 | 21-28 | 22 |
| 11 | Қызылжар | 21 | 23-31 | 22 |
| 12 | Атырау | 20 | 15-19 | 20 |
| 13 | Қайсар | 21 | 16-24 | 20 |
| 14 | Алтай | 22 | 20-33 | 19 |
| 15 | Жетісу | 22 | 24-38 | 19 |
| 16 | Ертіс | 20 | 20-28 | 17 |
