Форвард из Франции на просмотре в "Окжетпесе"

Беэ начал свою карьеру во французском "Монпелье". Проведя 5 лет в молодёжной команде, переехал в Германию и присоединился к немецкому "Гамбургу". Через полгода вернулся обратно. С 2008 года выступал за молодёжную команду "Генгама". В 2009 году перешёл в "Кассис Карнуа", который выступал в третьем по величине дивизионе в системе футбольных лиг Франции. В 2010 перебрался в "Ле-Манс", а спустя еще два года уехал в Россию и подписал контракт с владивостокским "Лучом", за который провел 8 матчей и забил 1 гол. По окончании сезона покинул команду, по причине вылета во Второй дивизион, где запрещено выступать иностранным игрокам. Зимой 2013 года, подписал контракт с тайским клубом "БЕК Теро Сасана" из города Бангкок, но спустя полгода покинул команду. Спустя полтора года отсутствия места работы, вернулся во Францию и подписал контракт с местным клубом "Тулон". 

Летом 2016 года Жонатану пришло предложение из чемпионата Сингапура, от клуба "Варриорс". В дебютном сезоне за сингапурский клуб провел 26 матчей и забил 19 голов, расположившись по итогам сезона на второй строчке в списке лучших бомбардиров чемпионата. Покинув клуб по окончании сезона, отыграл в малайзиских клубах "Сабах" и ПБНС, но уже в 2018 году вернулся в "Варриорс" и вновь выдал отличный результат по забитым мячам - 21 забитый мяч в 23 проведенных встречах.